Het coronavirus in kaart gebracht

Hoe een informatieprofessional, een wetenschapper en een factchecker helpen


Op zoek naar informatie over het coronavirus

Net voordat ze wordt uitgezonden naar de Wereldgezondheidsorganisatie, gaat onderzoeker Zsófia Igló langs bij Wichor Bramer van de Erasmus MC-bibliotheek. Kan hij haar helpen aan informatie over het coronavirus?

Door: Ronald de Nijs

Op 10 januari 2020 krijgt onderzoeker Zsófia Iglói, werkzaam op de afdeling Virologie van het Erasmus MC in Rotterdam, een vraag van haar afdelingshoofd, hoogleraar virologie Marion Koopmans: heeft ze interesse om voor vier weken aan de slag te gaan bij de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO)? Ze zal zich bezighouden met het coronavirus.

De afdeling Virologie maakt deel uit van een groot aantal netwerken, waaronder het WHO Collaborating Centre for Arbovirus and Haemorragic Fever Reference and Research. Het Erasmus MC ondersteunt responsacties bij de uitbraak van nieuwe en gevaarlijke pathogenen, oftewel ziekteverwekkers van biologische oorsprong. Ook geeft het advies, levert laboratoriumdiagnostiek en zendt personeel uit naar hulpverleningslocaties. 

Zsofia zegt ‘ja’ tegen het aanbod om tijdelijk gedetacheerd te worden bij het hoofdkwartier van de GLAD HP (Global laboratory alliance for the diagnosis of High Threat Pathogens), gevestigd in Genève. Om zich alvast voor te bereiden maakt Zsófia met spoed een afspraak met Wichor Bramer, informatiespecialist bij de bibliotheek van het Erasmus MC. Het doel: een zoekactie opstellen naar relevante literatuur met betrekking tot het coronavirus. 

Zoekactie in PubMed

‘De zoekactie was in dit geval geen gemakkelijke opgave,’ zegt Wichor Bramer. ‘Normaal maak je bij een zoekactie in bibliografische databases als PubMed gebruik van gestandaardiseerde trefwoorden, maar specifieke thesaurustermen voor het nieuwe coronavirus waren er nog niet. De dag nadat ik mijn zoekactie had gemaakt, kwam PubMed met een update en hadden ze de term “2019 novel coronavirus” aan hun thesaurus toegevoegd, maar daarmee is nu, een maand later, nog maar één artikel te vinden. Sowieso verwacht je in de wetenschappelijke literatuur nog geen artikelen over dit onderwerp. Hooguit nieuwsberichten, maar daar lag Zsófia’s interesse niet.’ 

Op verzoek van Zsofia richt de zoektocht zich op literatuur over vergelijkbare virussen, SARS en MERS. Niet alleen is er over die virussen inmiddels veel gepubliceerd, ook zijn er gestandaardiseerde trefwoorden voor beschikbaar. 

Aan de slag in Genève

Vier dagen na de zoekactie met Wichor, op 20 januari, gaat Zsófia aan de slag bij de Wereldgezondheidsorganisatie. Samen met collega’s is ze bezig geweest om ervoor te zorgen dat landen monsters kunnen testen en zo het nieuwe coronavirus kunnen detecteren. ‘Daarvoor hebben we informatie verzameld over bestaande testen en beoordeeld of deze het nieuwe virus konden detecteren. Na het inwinnen van advies van experts kwamen we tot de conclusie dat dit nieuwe virus zodanig afwijkt van de virussen die er het nauwst aan verwant zijn, dat de meeste bestaande testen het niet kunnen detecteren. Ondertussen werden er nieuwe analysemethoden ontwikkeld en beschikbaar gesteld. Parallel hieraan moesten we laboratoriumnetwerken erbij betrekken om te zorgen dat zij er klaar voor waren om de testen uit te voeren.’

De resultaten van de zoekopdracht die Wichor had uitgevoerd, kwamen van pas. ‘Ik heb ze gebruikt bij het in kaart brengen van bestaande commerciële moleculaire testen. Op basis van dit onderzoek hebben we contact gezocht met de betreffende bedrijven om zicht te krijgen op het succes van hun analyses, en of ze testen voor dit virus aan het ontwikkelen waren.’

Up-to-date blijven

De grootste uitdaging bij de uitbraak van een nieuw virus is om de hoeveelheid nieuwe publicaties bij te houden, zegt Zsófia. ‘Ik zie grote meerwaarde in de samenwerking van informatiespecialisten met de onderzoekers, bijvoorbeeld door dagelijks samenvattingen te verstrekken van systematische zoekacties of het opzetten van een map per onderwerp. Er verschijnt iedere dag zoveel informatie online en het is moeilijk om daar goed overzicht over te houden, dus we lopen het risico dat we belangrijke informatie missen.’

Maar om bij te blijven over beschikbare informatie over het coronavirus wordt niet alleen de wetenschappelijke literatuur bijgehouden. ‘De Wereldgezondheidsorganisatie houdt de sociale media bij, want die zijn ook belangrijk voor doelgroepgerichte communicatie en om te zien op welke gebieden actie nodig is. Ook wetenschappers halen informatie van sociale media zoals Twitter, waar mensen vaak tweeten dat ze informatie openbaar hebben gemaakt en dan gaat het niet uitsluitend om informatie in de vorm van wetenschappelijke publicaties. Veel publicaties verschijnen ook op www.biorxiv.org, een gratis archief voor nog ongepubliceerde wetenschappelijke artikelen in de levenswetenschappen. Dat bewees zijn nut als informatiebron, maar was ook een risico, want sommige bevindingen bleken later incorrect te zijn.’ 

Peer review

Zouden onderzoekers hun data ook niet buiten de traditionele wetenschappelijke tijdschriften kunnen verspreiden?Ja,’ zegt Zsófia. ‘Peer review is ook geen waterdicht systeem, hoewel het in ieder geval voorziet in een noodzakelijke kwaliteitscontrole. De Wereldgezondheidsorganisatie heeft afspraken met veel grote uitgevers dat ze ingediende manuscripten al voorafgaand aan het peer review-proces ontvangt. Dit garandeert een snelle verspreiding van informatie, maar dus zonder die kwaliteitscontrole.’

Hoe ging het verder?

Zsófia’s werk in Genève verschoof naar andere taken, zoals het schrijven van richtlijnen en protocollen. ‘Hierbij had ik geen ondersteuning van informatiespecialisten meer nodig. Maar informatiespecialisten bij de Wereldgezondheidsorganisatie werken nu aan een openbaar toegankelijke website waarop je alle literatuur over het nieuwe coronavirus kan vinden.’ 

Inmiddels is Zsofia weer terug in Nederland. ‘Dit was de eerste virusuitbraak waar ik aan heb gewerkt. Ik zie steeds meer de noodzaak en bereidheid om data en informatie te delen op andere manieren dan via peer reviewed-publicaties.’ Haar ervaringen in Genève deden haar inzien dat er in dit soort situaties een grote behoefte is aan een snelle en goede informatievoorziening. De afdeling Virologie van het Erasmus MC gaat dan ook op korte termijn met de bibliotheek overleggen hoe ze in dit soort gevallen de informatie-overload voor kunnen blijven.

Wuhan-zoekactie delen

En Wichor? Kort na de zoekactie voor Zsófia heeft hij op eigen initiatief nog een zoekactie bij Google Scholar gedaan. ‘Het is dan wel een uitdaging om alle varianten van de benamingen te vinden, omdat er nog geen standaardisatie was afgesproken. Zo wordt er in de literatuur gesproken over bijvoorbeeld “2019 nCoV”, “2019 novel Coronavirus”, “wuhan coronavirus” en “coronavirus outbreak in wuhan”.’ Bovendien: een Google Scholar-zoekopdracht telt maximaal 256 tekens. ‘Zie dan maar eens alle literatuur boven water te krijgen, zonder dat je te veel ruis krijgt of belangrijke artikelen mist. Begin februari zijn als standaardtermen “COVID-19” voor de ziekte en “SARS-CoV-2” voor het virus gekozen, en moest de zoekactie dus weer worden aangepast.’ 

Wichor ontdekte dat een database als PubMed actuelere informatie biedt dan andere medische databases, zoals embase.com. ‘En het grote voordeel van een zoekmachine als Google Scholar is dat daarin ook niet peer reviewed-artikelen worden opgenomen uit preprint servers als arxiv.org. Wanneer snelheid geboden is, is dat toch wel heel waardevol. In die zin heeft deze zoekvraag mij nieuwe inzichten opgeleverd.’

Wichor heeft de zoekstring van zijn zoekactie (zie kader) inmiddels gedeeld met collega’s in binnen- en buitenland. ‘Leuk om te zien dat drie onderzoeksinstituten de zoekstring ook alweer onder hun medewerkers en klanten hebben verspreid.’

Ronald de Nijs is eindredacteur van IP


Wichors zoekactie naar het coronavirus

covid-19 OR sars-cov-2 OR “2019nCoV” OR “2019 nCoV|CoV|coronavirus” OR “2019 novel|new coronavirus|cov” OR “wuhan coronavirus|cov|ncov|outbreak” OR “wuhan*coronavirus|cov|ncov|outbreak” OR “wuhan**coronavirus|cov|ncov|outbreak” OR “coronavirus*wuhan” (zie ook: bit.ly/GS-covid19)


Hoe een snellere manier van wetenschappelijke communicatie kan mensenlevens redden

Door: Wichor Bramer

De recente uitbraak van het coronavirus in Wuhan en de wereldwijde dreiging die daarmee samenhangt, vragen om een andere en snellere aanpak als het gaat om de verspreiding van wetenschappelijke informatie. 

De verspreiding van wetenschappelijke informatie vraagt om een andere en snellere aanpak. Dat heeft de recente uitbraak van het coronavirus in Wuhan en de wereldwijde dreiging die daarmee samenhangt, laten zien.

Een groep anonieme internetgebruikers vond dat het delen van informatie niet snel genoeg kan gaan. Daarom hebben ze een gratis online archief aangelegd van vijfduizend wetenschappelijke artikelen over coronavirussen. Inmiddels zijn ook verschillende wetenschappelijke uitgevers om en werken samen met wetenschappers aan een snellere doorstroom van artikelen. Het New England Journal of Medicine deelt artikelen al met de Wereldgezondheidsorganisatie voordat peer review heeft plaatsgevonden. Ook ondersteunt zij een sneller peer review-proces, waardoor artikelen al binnen een week gepubliceerd kunnen worden. Daarnaast bieden bijna honderd wetenschappelijke tijdschriften al hun artikelen over COVID-19 inmiddels open access aan.

Verschillende uitgevers adviseren wetenschappers nu hun artikelen al vóór publicatie te delen via preprint servers. Hier kunnen artikelen worden geplaatst voordat ze deze bij een tijdschrift indienen. Dit bevordert het tijdig gebruik van de uitkomsten. Veel uitgevers zijn daar normaal gesproken tegen omdat een gratis online versie van het artikel hun mogelijk inkomsten kost. Bovendien levert dit verwarring op omdat er dan twee versies van hetzelfde artikel in omloop zijn. 

De vraag is of dit alles werkelijk genoeg is. Het schrijven van een wetenschappelijk tijdschriftartikel met introductie, methode, resultaten en conclusie kost veel tijd, meer tijd dan onderzoekers in deze situatie hebben. Een wetenschapper kan nu niet zomaar dagen besteden aan het schrijven van een artikel en daarna collega’s maanden laten wachten om het onderzoek te kunnen lezen.

De belangrijkste vraag is dan ook, of een wetenschappelijk tijdschrift nog wel van deze tijd is. Is publicatie van een wetenschappelijk artikel dat door collega-onderzoekers wordt beoordeeld de beste manier voor een wetenschapper om data te delen? Verschillende onderzoeksfinanciers in binnen- en buitenland, zoals NWO, ZonMW en de Wellcome Trust, roepen wetenschappers op hun data open access te delen. Laboratoria over de hele wereld delen de biologische code van het virus, zodat het gebruikt kan worden om diagnostische tests te ontwikkelen. Als daarmee gewacht zou worden tot deze gegevens in tijdschriftartikelen zijn verschenen, is het te laat.

De ebolapandemie zou volgens een aantal Afrikaanse onderzoekers kunnen zijn voorkomen als het belangrijkste en eerste onderzoek uit 1982 niet achter een betaalmuur was verstopt. Waarom duurt het zo lang voordat de werkwijze van de wetenschap daadwerkelijk verandert? 

De grootste toegevoegde waarde van het tijdschrift, peer review, wordt in de praktijk door collega-wetenschappers gedaan. Dit zal op een andere manier geformaliseerd moeten worden, maar dat zal niet het moeilijkste zijn. Staat de manier van werken van de universiteiten deze vooruitgang misschien in de weg? Wetenschappers worden nog altijd afgerekend op het schrijven van artikelen. Wordt het niet tijd dat we de financieringsmodellen van de universiteiten aanpassen aan de eisen van de huidige tijd en wetenschappers afrekenen op het delen van hun data? 

Wichor Bramer is biomedisch informatiespecialist bij het Erasmus MC


Nepnieuws over het virus ontmaskeren

Cristina Tardaguila werkt voor de IFCN, het internationale samenwerkingsverband van factcheckers. Zij coördineert de wereldwijde samenwerking tussen factcheckers die zich sinds 24 januari bezighouden met het nepnieuws over het coronavirus. Wat zijn haar ervaringen?

Door: Ronald de Nijs

Hoeveel factcheckers houden zich inmiddels bezig met het nepnieuws over het coronavirus?

‘We zijn inmiddels met z’n negentigen, en hebben samen al ruim 300 factchecks gepubliceerd in 39 landen.’

Was het moeilijk om factcheckers te vinden?

‘Nee, totaal niet. De IFCN heeft een Google listserv en een Slack-kanaal met de gehele factcheckingcommunity. Toen de IFCN daarop de samenwerking voorstelde, sloten velen van hen zich direct aan.’

Hoe gaan jullie te werk?

‘Elke organisatie die zich met factchecking bezighoudt, werkt aan de eigen (on)waarheden. Nadat hun artikelen zijn gepubliceerd, wordt de URL gedeeld, en komt een samenvatting van hun conclusies in gedeelde Google-documenten, die alle factcheckers kunnen inzien. Iedereen heeft erin toegestemd dat hun bijdragen kunnen worden gekopieerd, vertaald en opnieuw gepubliceerd.’

Wat voor soorten nepnieuws zijn jullie tegengekomen?

‘We vonden hoaxes met betrekking tot de oorsprong van het virus (vleermuizen, bananen, biologische wapens vervaardigd door de Chinese overheid); valse preventie en geneesmiddelen (zoals “chloor drinken”, “knoflooksoep eten” en “arsenicum 30 innemen”) en veel complottheorieën, naast video’s en foto’s die uit hun context werden gebruikt.’

Hoe komen jullie het nepnieuws op het spoor?

‘Organisaties die feiten checken, zoals wij, kunnen op verschillende manieren (on)waarheden nagaan. Ze kunnen vragen ontvangen van hun publiek en/of tools gebruiken om de sociale media te monitoren.’

Wordt het nepnieuws hoofdzakelijk in de vorm van berichten of ook via afbeeldingen verspreid?

‘Beide.’

Via welk sociaal medium wordt het meest verkeerde informatie verspreid?

‘Alle sociale mediaplatforms worden overspoeld met hoaxes over het coronavirus. Niet alleen degene die bekend zijn in het Westen, maar ook Weibo, Line, KakaoTalk enzovoort.’

Welk nepnieuws heeft u het meest verrast?

‘Het is niet normaal hoeveel gekte er is rondom vleermuizen, zoals vleermuissoep. Er is tot nu toe geen verband aangetoond tussen vleermuizen en het coronavirus, maar mensen blijven video’s delen die hierover gaan. Factcheckers hebben ontdekt dat veel van die video’s uit Palau [een eilandengroep bij de Filippijnen, red.] komen, en niet uit China!’

Hoe lang gaat u door met het factchecken?

‘Zolang de golf van nepnieuws over het virus aanhoudt.’

Wat wilt u nog graag kwijt?

‘Volg de hashtags #CoronaVirusFacts en/of #DatosCoronaVirus om bij te blijven waar onze factcheckingcommunity mee bezig is.’

Ronald de Nijs is eindredacteur van IP

Deze bijdrage komt uit IP nr. 2 / 2020.

Geef een reactie

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd. Vereiste velden zijn gemarkeerd met *